Revista Eletrônica do Programa de Bolsas - Edição ZERO

Revista: Edição ZERO | Ano: 2022 | Corpo Editorial: Editorial
Estudo dos genes VAPB, UBQLN2 e PFN1 em pacientes com Esclerose Lateral Amiotrófica na população do Rio de Janeiro
Bolsista: CLEO PEREIRA DE ALMEIDA
Orientador(a): VERONICA MARQUES ZEMBRZUSKI
Resumo: A Esclerose Lateral Amiotrófica (ELA) é uma doença neurodegenerativa fatal causada por uma combinação de fatores genéticos e ambientais e disfunções relacionadas à idade. Seus sintomas clínicos, como fraqueza muscular progressiva, junto à atrofia e fasciculações, ocorrem devido ao comprometimento dos neurônios motores superior e inferior, e os do córtex frontal. A morte ocorre por paralisia respiratória em 2-5 anos. Mais de 20 genes já foram associados à patologia, embora mutações em um único gene expliquem a condição em apenas 15% dos pacientes. Entre tais genes, citamos três, que serão o foco de estudo deste projeto: VAPB: envolvido no transporte de proteínas para o retículo endoplasmático e sua ativação se dá quando proteínas mal dobradas se acumulam nesse compartimento celular. UBQLN2: envolvido com processos de ubiquitinação e degradação de proteínas no proteossomo, atuando na via de degeneração do neurônio motor. PFN1: envolvido na integridade do citoesqueleto celular e no transporte axonal, interferindo na rede de tubulinas. Encontrar biomarcadores genéticos é crucial para o diagnóstico, prognóstico ou estudos preditivos da ELA, pois permitem estratificar os pacientes e monitorar efeitos de tratamentos. Entre os objetivos específicos, e a metodologia a eles relacionada, temos: i. Avaliar as variáveis fenotípicas dos 22 casos de 14 famílias com a mutação VAPB P56S, já diagnosticada, a partir da análise dos registros médicos dos pacientes para caracterizar a heterogeneidade clínica da ELA (etapa não presencial); ii. Analisar os eletroferogramas do gene UBQLN2 de 164 pacientes, gerados por sequenciamento de Sanger da sua região codificadora pela aluna de doutorado vinculada ao projeto (etapa não presencial); iii. Realizar o rastreamento do gene PFN1 em 164 pacientes por sequenciamento de Sanger (etapa presencial no LGH-IOC). Para os objetivos ii e iii, as mutações encontradas serão descritas, comparando com os padrões observados em outras populações e analisando o impacto molecular das variantes novas na estrutura da proteína e seu potencial patogênico, através de ferramentas de bioinformática. Todos os pacientes foram diagnosticados com ELA através de exames clínicos e neurofisiológicos; a coleta de sangue, com posterior extração do DNA, foi feita após a assinatura do TCLE. Dentre os 22 pacientes com a mutação VAPB P56S, 9 são do sexo masculino, enquanto 13 são do sexo feminino. A idade média em que ocorreu o início dos sintomas foi de 45,2 anos (DP= 7,184), e todos apresentavam histórico familiar de ELA. O local de nascimento desses indivíduos se concentrou na região sudeste do Brasil; segundo os critérios de raça/cor (IBGE), observamos que 86,4% são brancos e 13,6% são pardos. Em relação às características clínicas, 2 pacientes apresentaram disfagia, 3, disartria e 16, câimbra. Nenhum dos indivíduos apresentou característica fenotípica que se sobreponha à demência frontotemporal. Embora seja comum observarmos pacientes P56S com protusão abdominal, apenas 7 indivíduos na nossa amostra apresentaram tal fenótipo. Treze pacientes apresentaram comorbidades, sendo a hipertensão e a obesidade as mais comuns. Sobre o local de início dos sintomas, grande parte da nossa amostra (n=20) teve início Espinhal (membros inferiores afetados), apesar da ausência de registro para dois pacientes. Uma vez que as regras para a volta das atividades presenciais dos alunos foram flexibilizadas, iniciamos a padronização dos experimentos do gene UBQLN2, para posterior análise dos eletroferogramas. Assim que a aluna se familiarizar com a rotina do laboratório e as técnicas de biologia molecular, serão iniciados os experimentos referentes ao rastreamento do gene PFN1. A partir do conhecimento das variantes que circulam na nossa população, poderemos correlacioná-las com o perfil clínico dos pacientes com ELA, o que irá permitir uma melhor compreensão da doença, bem como o desenvolvimento de métodos diagnósticos mais precisos e tratamentos mais eficientes.
CARACTERIZAÇÃO DE GENES DIFERENCIALMENTE EXPRESSOS EM LINHAGENS CELULARES DE CÂNCER DE MAMA MURINO
Bolsista: CAROLINE DE SOUZA RODRIGUES
Orientador(a): ROMULO GONCALVES AGOSTINHO GALVANI
Resumo: O câncer é uma doença heterogênea e de ocorrência multifatorial. Entre as mulheres, o tipo mais frequente é o de mama. Embora o tumor primário seja importante para o curso da doença, o responsável pelo óbito da paciente é a metástase, tornando clara a urgência do entendimento dos fatores responsáveis pela sua indução. A linhagem celular de tumor de mama murino 4T1, ortotopicamente introduzida em camundongos BALB/cJ, é altamente tumorigênica e invasiva, sendo capaz de metastatizar para os mesmos órgãos afetados pelo câncer de mama humano, incluindo ossos, pulmão, linfonodos drenantes da mama, fígado e cérebro, servindo de modelo da forma mais grave da doença. Em consequência da heterogeneidade desse carcinoma, várias linhagens parentais de 4T1 foram isoladas e possuem fenótipos metastáticos divergentes, dentre elas a 67NR, que não tem capacidade invasiva, portanto não é letal, servindo de modelo para carcinoma in situ. A análise ex vivo de linfócitos T CD4 isolados da medula óssea de camundongos inoculados com células 4T1 ou 67NR demonstrou que no grupo que recebeu células 4T1, as células T são capazes de induzir doença osteolítica precoce essencial para o estabelecimento da metástase óssea, em contrapartida o grupo que recebeu o carcinoma in situ 67NR, não apresentou a perda óssea. A atividade pró-metastática destas células T foi positivamente correlacionada com a produção de citocinas pró-osteoclastogênicas, incluindo a molécula RANKL, regulador principal dos processos de osteoclastogênese e remodelamento ósseo. Estes dados sugerem que o tumor pode exercer papel sobre a diferenciação e ativação de células T influenciando na patologia da doença. Sendo assim, o objetivo desse trabalho é analisar as características moleculares de 67NR e 4T1 para compreensão dos fatores celulares intrínsecos que sejam importantes para o estabelecimento metastático. A modulação pode ocorrer devido a moléculas que são expressas pelo tumor e agem diretamente sobre os linfócitos T, ou mesmo sobre outras células importantes na ativação dos primeiros. Para tal, utilizaremos dados depositados referentes a expressão gênica das linhagens celulares 67NR e 4T1 e buscaremos genes diferencialmente expressos (DEG) entre elas e então faremos uma busca por vias de sinalização possivelmente enriquecidas (GSEA) que estejam relacionadas com processos inflamatórios e a resposta imunológica. Para validar os achados in vitro será realizada a avaliação da expressão dos genes encontrados através de PCR em tempo real semi-quantitativo (TaqMan™). Outra possibilidade poderia ser o processamento de peptídeos a partir das proteínas de uma linhagem celular gerar respostas quantitativamente ou mesmo qualitativamente diferentes das respostas geradas para peptídeos da outra linhagem. Para avaliar esta possibilidade avaliaremos o peptidoma e ligandoma das linhagens celulares no contexto do haplótipo de MHC singeneico a ela (H2d) referente as respostas T CD4 (NetMHCIIPan) e da resposta T CD8 (NetMHCPan). Os peptídeos específicos de cada linhagem serão avaliados quanto a sua imunogenicidade através de dados depositados previamente através do Immune Epitope Database and Analysis Resource (IEDB). A identificação de tais fatores potencialmente associados ao estabelecimento metastático possibilita a compreensão da patologia da doença bem como a possibilidade de posterior validação in vivo e a geração de alternativas terapêuticas para o tratamento da metástase, atualmente inexistente
Vigilância de tuberculose no contexto da epidemia do novo coronavírus COVID-19, Cidade do Rio de Janeiro, 2019-2021
Bolsista: Camila Silveira Barbosa
Orientador(a): YARA HAHR MARQUES HOKERBERG
Resumo: A tuberculose (TB) é uma doença de transmissão respiratória de alta incidência e mortalidade na cidade do Rio de Janeiro. Em março/2020, a introdução do novo coronavírus COVID-19 impôs um novo desafio à vigilância da TB na segunda capital brasileira com maior incidência de tuberculose. Na ocasião, foi implantado um plano de contingência para reduzir a transmissão comunitária e nosocomial de COVID-19 e que incluiu o isolamento social e a suspensão temporária de consultas de acompanhamento e visitas domiciliares de TB. Os objetivos do atual subprojeto são: 1) Atualizar a busca bibliográfica sobre os efeitos da COVID-19 na vigilância e monitoramento de TB; 2) Revisar a literatura sobre a eficácia e efetividade dos testes Xpert e Xpert Ultra para detecção de TB; 3) Gerenciar as referências bibliográficas; 4) Participar da extração, consolidação/atualização do banco, análise e interpretação dos dados relativos às notificações de TB e COVID-19, oferta de procedimentos ambulatoriais e exames específicos para TB, bem como o índice de isolamento social e indicadores de acesso aos serviços de atenção primária. Até o momento, foi feita a atualização bibliográfica com os termos tuberculose e COVID-19 e correlatos, nas bases Pubmed, Embase, Web of Science e Lilacs. As referências foram importadas para o software livre ZOTERO e selecionadas pelo título e resumo. As fontes de dados para o objetivo 3 foram: notificações - Sistema de informação de agravos de notificação (SINAN-TB), disponível no Tabnet-RIO; procedimentos ambulatoriais – Sistema de informação ambulatorial (SIA) (Tabnet-RIO e Tabnet-DATASUS); e o índice de isolamento social – Plataforma InLoco. Os resultados do estudo mostraram que a atualização bibliográfica feita em outubro/2021 não capturou novas referências em relação ao obtido anteriormente no Subprojeto “Distribuição espaço-temporal da tuberculose e do novo coronavirus COVID-19, Cidade do Rio de Janeiro, 2019-2020” (PIBIC 2020-21). Os dados das notificações de TB foram atualizados em março/2022 e a extração foi expandida para o período 2014-2021. Os resultados mostraram que houve uma redução no número de notificações anterior à emergência do COVID-19. O aumento na detecção de casos de 2014 a 2016 foi posterior a entrada do teste rápido molecular Xpert e coincidente com a expansão da cobertura de atenção primária na cidade. Observa-se uma aparente redução nas notificações a partir de agosto/2018, em período concomitante a redução na cobertura de atenção primária na cidade, possivelmente devido a mudança na gestão municipal, com reflexos nos investimentos em saúde. Os menores valores para as notificações foram observados no segundo trimestre de 2020, após a entrada do SARS-Cov-2 e início da primeira onda epidêmica de COVID-19 na cidade do Rio de Janeiro (março/2020). Os resultados deste subprojeto podem contribuir para identificar os fatores associados à redução na detecção de casos de tuberculose antes e após a pandemia COVID-19, bem como identificar as variáveis clínicas e sociodemográficas importantes na elaboração de algoritmos diagnósticos de tuberculose em tempos de pandemia por COVID-19.
Impactos das mudanças climáticas para acervos científicos e culturais no Brasil
Bolsista: Rafaela Gonçalves Muniz
Orientador(a): Carla Maria Teixeira Coelho
Resumo: I. JUSTIFICATIVA E RELEVÂNCIA O acesso pleno da sociedade ao patrimônio científico e cultural depende de sua conservação em longo prazo e das estratégias para sua difusão. No contexto brasileiro vários são os riscos que podem impactar esses bens, levando a perdas muitas vezes irreversíveis. Além dos riscos tradicionalmente reconhecidos - relacionados à ausência de ações periódicas de conservação, ao uso, a ações de criminosos, incêndios, ataque biológico etc. - novos desafios têm surgido para os profissionais responsáveis pela preservação de bens culturais, como o impacto de emergências sanitárias e das mudanças climáticas. De acordo com o relatório mais recente do Intergovernmental Panel on Climate Change (IPCC, 2021) os cientistas observaram alterações no clima em todas as regiões do planeta. Essas alterações, como o aquecimento da temperatura global e o aumento do nível no mar, causadas em decorrência da ação humana, podem ser irreversíveis caso a humanidade não consiga se comprometer com a redução das emissões de gases do efeito estufa. Nesse contexto, parece fundamental que a área da preservação de bens culturais se comprometa de maneira mais efetiva em reduzir os impactos negativos da ação humana sobre o planeta, contribuindo para a Agenda 2030 para o Desenvolvimento Sustentável definida pela Organização das Nações Unidas (ONU). A UNESCO, através do World Heritage Center – WHC, tem investido no levantamento e disseminação de dados relacionados aos impactos das mudanças climáticas para o patrimônio cultural da humanidade. Os riscos e impactos potenciais das mudanças climáticas sobre o patrimônio cultural e natural identificados pelo WHC foram sistematizados na publicação Climate Change and World Heritage. Reporting on Predicting and Managing the Impacts of Climate Change on World Heritage (Rao, 2007). Apesar das mudanças climáticas se caracterizarem como uma questão global, as pesquisas indicam impactos diferenciados para cada região do planeta. Para que as instituições possam se preparar adequadamente é importante entender quais os possíveis impactos locais decorrentes dessas mudanças. A Fiocruz tem produzido importante material de referência sobre os impactos das mudanças climáticas para a saúde da população. Desde 2015 o Instituto Oswaldo Cruz (IOC), em parceria com Coppe-UFRJ, lidera a Rede de Pesquisas sobre Mudanças Climáticas Urbanas para a América Latina (Urban Climate Change Research Network – UCCRN-AL). O Instituto de Comunicação e Informação Científica e Tecnológica em Saúde (Icict) abriga o Observatório de Clima e Saúde, cuja missão inclui com compartilhamento de informações voltadas para o desenvolvimento de estudos que avaliem os impactos das mudanças climáticas na saúde da população brasileira. No Brasil, ainda são poucos os exemplos de pesquisas que relacionem os impactos das mudanças climáticas aos riscos para o patrimônio cultural e seus usuários. O presente subprojeto pretende contribuir para suprir essa lacuna, ampliando as discussões já realizadas pela instituição no âmbito da gestão de riscos para bens culturais. Vincula-se ao projeto de pesquisa “Tecnologias aplicadas à conservação preventiva do Patrimônio das Ciências e da Saúde” do grupo de pesquisa Saúde e Cidade: arquitetura, urbanismo e patrimônio cultural, selecionado pelo Edital de Apoio a Grupos Emergentes de Pesquisa da Faperj em novembro de 2019. Por meio da pesquisa aplicada, da capacitação e da disseminação de conceitos, métodos e técnicas de conservação preventiva o projeto busca contribuir para a disseminação da abordagem preventiva para o patrimônio cultural brasileiro. II. OBJETIVOS Objetivo geral: Desenvolver estudo teórico-prático sobre riscos para acervos científicos e culturais no contexto brasileiro relacionados aos impactos das mudanças climáticas. Objetivos específicos: Compilar dados e levantar subsídios para a mitigação de riscos para acervos científicos e culturais no contexto brasileiro. Contribuir para ampliação da conscientização institucional e da sociedade em relação aos impactos das mudanças climáticas para bens culturais. III. METODOLOGIA a - Revisão bibliográfica Identificação e análise de publicações nacionais e internacionais que abordem o tema das mudanças climáticas e seus impactos para o patrimônio cultural. b- Análise das pesquisas realizadas na Fiocruz Identificação e análise dos dados produzidos por pesquisadores da Fiocruz e parceiros que correlacionam as mudanças climáticas e os impactos sobre a saúde da população brasileira. b – Análise do perfil climático do campus Manguinhos Análise e sistematização dos dados climáticos disponíveis sobre o campus Manguinhos da Fiocruz e tendências de alterações relacionadas às mudanças climáticas. d - Elaboração do relatório final IV. CRONOGRAMA a. Revisão bibliográfica - setembro a dezembro 2022 b. Análise das pesquisas sobre mudanças climáticas realizadas na Fiocruz - janeiro a abril 2023 c. Análise do perfil climático do campus Manguinhos - maio a julho 2023 d. Elaboração do relatório final - julho a agosto 2023 V. BIBLIOGRAFIA FUNDAÇÃO OSWALDO CRUZ (FIOCRUZ). Política de Preservação dos Acervos Científicos e Culturais da Fiocruz. [e-book]. Rio de Janeiro: Fiocruz/COC, 2018. Disponível em https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/37188. Acesso em 08 mai. 2021. INTERGOVERNMENTAL PANEL ON CLIMATE CHANGE (IPCC). Summary for Policymakers. In: Climate Change 2021: The Physical Science Basis. Contribution of Working Group I to the Sixth Assessment Report of the Intergovernmental Panel on Climate Change. Cambridge: Cambridge University Press, 2021. Disponível em: . Acesso em: 15 ago.2021. ORGANIZAÇÃO DAS NAÇÕES UNIDAS (ONU). Transformando Nosso Mundo: A Agenda 2030 para o Desenvolvimento Sustentável. Nova Iorque: ONU, 2015. Disponível em: . Acesso em 22 jul.2021. RAO, K. (org.). Climate Change and World Heritage. Reporting on Predicting and Managing the Impacts of Climate Change on World Heritage and Strategy to Assist States Parties to Implement Appropriate Management Responses. World Heritage Report, n.22, 2007. WHC/UNESCO. Case Studies on Climate Change and World Heritage. Paris: Unesco, 2007.
Do in silico ao in vivo: A utilização da triagem virtual por docagem molecular para a seleção de inibidores da tripanotiona redutase de Leishmania infantum
Bolsista: JULIA ALCANTARA DE CASTRO RODRIGUES
Orientador(a): JOB DOMINGOS INACIO FILHO
Resumo: Passados quase 80 anos desde a implementação dos antimoniais pentavalentes para o tratamento das leishmanioses, pouco se progrediu no desenvolvimento de outras terapias para essas enfermidades. De modo geral, o tratamento atual apresenta elevada toxicidade, é administrado por via intramuscular em longos esquemas terapêuticos que geram um grande desconforto para o paciente. Esses fatores contribuem para o abandono do tratamento e podem levar a registros de falha terapêutica e ao surgimento de cepas resistentes. Dentro desse cenário, é de extrema importância que haja novos estudos que contornem essas problemáticas. A busca por uma nova entidade química (NEQ) é realizada através da triagem de compostos que apresentem relevantes propriedades farmacológicas. Nesse contexto, flavonoides vêm se destacando por seus efeitos anti-inflamatórios, antimicrobianos, antifúngicos, antiparasitários e outros. A partir disso, são realizados uma série de estudos pré-clínicos para determinar a sua atividade in vitro e em modelo animal para, então, seguir para os estudos clínicos que irão avaliar a segurança e eficácia desses compostos em humanos. Caso a NEQ obtenha sucesso nessas etapas, ela é licenciada para uso clínico. Esta abordagem é amplamente válida, entretanto, como as leishmanioses são consideradas Doenças Tropicais Negligencias (DTN), não há um grande interesse das indústrias farmacêuticas para o combate dessas enfermidades, uma vez que dos 850 novos produtos registrados entre os anos de 2000-2011, apenas 97 (4%) foram indicados para esse grupo de doenças. Dessa forma, para complementar a busca por uma NEQ, paralelamente, seguiremos com a estratégia de reposicionamento de fármacos. O reposicionamento de fármacos torna-se atrativo a partir do ponto da alta demanda de tempo e dinheiro necessários para a aprovação de um composto. Esse estudo pode ser definido como o redirecionamento de um medicamento já administrado na clínica, recolocando-o para o tratamento de outra doença. Isso permite avançar algumas etapas de desenvolvimento, economizando tempo, dinheiro e acelerando a busca por novas alternativas terapêuticas para as leishmanioses. A utilização de ferramentas computacionais tem se tornado um grande aliado para a busca por novos compostos, especialmente no caso de DTN. Ferramentas como a triagem virtual baseada na docagem molecular permitem uma seleção criteriosa e racional de compostos e provêm um grande ganho para o entendimento da interação entre o ligante e a enzima alvo. Vias metabólicas são essenciais para a sobrevivência de parasitos do gênero Leishmania. Essas vias permitem a sobrevivência desses patógenos nas condições extremas no interior das células do hospedeiro vertebrado. Dessa forma, a seleção de enzimas envolvidas nessas vias revela uma excelente opção para estratégias racionais no desenvolvimento de novas terapias para as leishmanioses. No nosso estudo, utilizaremos enzimas essenciais para o controle redox de tripanosomatídeos (tripanotiona sintetase, tripanotiona peroxidase, ascorbato peroxidase e tripanotiona redutase) para uma triagem baseada no alvo, utilizando bibliotecas de de flavonoides e fármacos licenciados pelo FDA como banco de ligantes para a seleção racional de possíveis candidatos promissores para o tratamento das leishmanioses. Assim, selecionaremos, através de metodologias in silico, compostos que sejam possíveis inibidores dessas enzimas e disponíveis para tratamento por via oral. Em seguida, caracterizaremos o seu efeito in vitro em promastigotas de Leishmania spp. e determinaremos a sua segurança em macrófagos peritoneais murinos e eficácia em amastigota intracelular. Então, estudaremos o mecanismo molecular de ação e o mecanismo de ação desses compostos, bem como o seu efeito in vivo modelo murino experimental de leishmaniose. Ao final do estudo, pretendemos selecionar de forma racional compostos eficazes e seguros que possam se tornar potenciais candidatos ao tratamento oral das leishmanioses.
Análise proteômica do envelhecimento da pele
Bolsista: Ana Beatriz Lyrio Lajas
Orientador(a): Paulo Costa Carvalho
Resumo: A pele é um órgão essencial para a regulação de diversas funções no organismo, sendo uma interface entre o ambiente interno e externo (BICKERS et al., 2006). Com o envelhecimento as células da pele são progressivamente danificadas afetando a organização normal da pele e a capacidade de reparo tecidual (BONTÉ et al., 2019). Essas alterações da pele demonstraram ter um impacto significativo, e podem causar considerável desconforto e incapacidade de interação. Por representarem uma ameaça significativa ao bem-estar, saúde mental, capacidade de função e participação social, sendo estabelecida como uma medida de deficiência amplamente definida pela Organização Mundial da Saúde como uma baixa capacidade da pessoa em interagir e se envolver nas relações interpessoais (FRANCISCO A. TAUSK, 2010). Com isso, desenvolver novas metodologias para o estudo molecular da pele é fundamental para auxiliar na prevenção e redução da degenerescência do tecido ao longo da idade. A informação funcional dos genes é caracterizada pelo proteoma, sendo a proteômica a definição do conjunto de técnicas utilizadas para elucidar o proteoma (EIDHAMMER et al., 2007), conjunto de proteínas expressas por um sistema biológico ( células, tecidos, órgãos e fluídos biológicos) em um determinado momento ou estado fisiológico (WILKINS et al., 1996). A proteômica possui estreita ligação entre o genótipo e fenótipo, tornando-se uma ferramenta de grande valia para este projeto; na identificação de biomarcadores de modo a esclarecer as alterações na saúde da pele (VOGEL; MARCOTTE, 2012). Neste projeto, pretendemos comparar o proteoma da pele de 20 mulheres com menos de 30 anos versus mais de 60 anos por espectrometria de massas utilizando metodologia não invasiva para coleta do material de pele.
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