Revista Eletrônica do Programa de Bolsas - Edição ZERO

Revista: Edição ZERO | Ano: 2022 | Corpo Editorial: Editorial
Caracterização molecular de isolados de Echinococcus vogeli utilizando o gene nuclear P29
Bolsista: THIAGO CORDEIRO PEREIRA
Orientador(a): ROSANGELA RODRIGUES E SILVA
Resumo: Na Amazônia, é comum caçar animais silvestres para alimentação. Os moradores estão longe dos centros urbanos, onde o acesso à educação, serviços de saúde, saneamento básico e água tratada é baixo ou inexistente, favorecendo as zoonoses e enteroparasitoses. Existem poucas abordagens que envolvam coleta, caracterização molecular, análise e levantamento de dados genéticos sobre as populações das espécies causadoras das equinococoses neotropicais (Echinococcus vogeli e Echinococcus oligarthra), principalmente obtidas de pacas da região amazônica do Brasil. Variabilidade genética já foi comprovada para E. granulosus sensu lato, porém, o conhecimento dessa realidade para E. vogeli, pode contribuir para programas de controle, prevenção e diagnóstico da equinococose neotropical policística (ENP). Este trabalho tem por objetivo a caracterização molecular de E. vogeli oriundos de pacas capturadas em localidades onde há relatos de casos humanos da EP. Os fígados de pacas provêm de áreas florestais entre os anos de 2016-2021. Nos fígados com lesões características de infecção por E. vogeli, foi feita a extração do DNA total. Uma região parcial do gene nuclear P29 foi utilizada para análise molecular de E. vogeli. A extração do DNA total foi feita utilizando o kit QIAmp DNA Mini Kit (QIAGEN) e os DNAs extraídos foram submetidos à PCR conforme realizado por Santos et al., (2012). Os produtos da PCR foram purificados e as sequências foram obtidas através do Sequenciamento Automático – IOC/RJ. As sequências foram editadas e comparadas com as sequências relacionadas ao E. vogeli depositadas na base de dados GenBank-NCBI. Até o momento, dezesseis amostras fazem parte deste estudo e permitiram a identificação do E. vogeli. Todas as sequências estão disponíveis para integrar estudos filogenéticos e para serem depositadas no GenBank.
Novos Análogos da Etravirina como Potenciais Multialvos Frente à Coinfecção pelo HIV-1 e Mtb
Bolsista: Fernando Barbosa Macedo
Orientador(a): NUBIA BOECHAT ANDRADE
Resumo: O vírus da imunodeficiência humana (VIH ou HIV, em inglês), pertencente à fa¬mília Retroviridae do gênero Lentivirus, é o agente etiológico da síndrome da imunodeficiência adquirida (SIDA/AIDS), que permanece como um problema de saúde mundial. O estudo da replicação do HIV permitiu que fossem desenvolvidas diferentes classes de fármacos antirretrovirais, as quais agem em determinadas etapas do processo. Os inibidores da enzima transcriptase reversa (TR) são de extrema importância no combate a replicação viral, sendo integrantes do coquetel de primeira linha recomendado no Brasil e em outros países. Esses inibidores são divididos em três subclasses: os inibidores da TR nucleósídicos (ITRN); os inibidores da TR nucleotídeos (ITRNt) e os inibidores da TR não nucleosídeos (ITRNN), sendo que esta última inclui como representantes os fármacos etravirina (ETV) e rilpivirina (RPV), pertencentes a família das diaril pirimidinas, conhecida como DAPY. O interesse crescente nos ITRNN DAPY está relacionado ao fato destes fármacos exibirem um amplo espectro de atividade contra o tipo selvagem do vírus e o HIV-1 mutante; e serem a melhor opção para pacientes que exibem falha virológica com o uso dos medicamentos de primeira linha. No entanto, apesar dos esforços no desenvolvimento de fármacos que sejam capazes de tratar a infecção pelo HIV, um fator preocupante é a susceptibilidade dos pacientes soropositivos em adquirirem coinfecções, devido à imunossupressão causada pela AIDS, sendo a principal delas a tuberculose (TB). Para o tratamento da coinfecção HIV-TB é necessária a administração de muitos fármacos, concomitantemente, por um longo período, uma vez que a terapia para ambas as doenças é baseada em coquetéis medicamentosos. Esse aspecto é o mais desafiador, visto que ocorrem muitas interações medicamentosas, sobreposição de toxicidade e a não adesão a terapia, que tem aumentado os casos de resistência. Devido a esses fatores, torna-se necessária a busca de novos compostos com característica de multialvos, que possam tratar a coinfecção HIV-TB e apresentem uma menor toxicidade. Considerando os excelentes resultados dos ITRNN DAPY frente ao HIV-1 e a versatilidade de isatinas no desenvolvimento de novas moléculas com potencial atividade biológica frente ao HIV-1 e ao MTb, foi proposta a elaboração deste projeto. Com isso, o objetivo deste trabalho é a síntese e a avaliação antirretroviral e antimicobacteriana de dez novas moléculas, planejadas a partir da hibridação molecular do esqueleto DAPY, presente na etravirina, com hidrazonas obtidas a partir da junção da isatina com os fármacos anti-TB isoniazida e pirazinamida. Para a primeira parte dos híbridos empregou-se o esqueleto DAPY, que é característico dos ITRNN de segunda linha, como a ETV e a RPV. Como segundo fragmento farmacofórico foi proposta a inclusão da isoniazida e da hidrazina da pirazinamida, respectivamente, que são fármacos já utilizados no tratamento de pacientes com TB. Estes foram acoplados à molécula da isatina, que está presente numa diversidade de moléculas com potencial atividade anti-HIV e anti-TB. O anel 1,2,3-triazol foi utilizado como espaçador entre os fragmentos farmacofóricos, em substituição a um dos grupos arilas do esqueleto DAPY, já que essa mudança não acarreta relevantes alterações na atividade biológica. Para obtenção das moléculas finais propostas foi planejada uma síntese convergente com sete ou oito etapas reacionais. Até o momento foi possível sintetizar quinze intermediários, sendo seis inéditos. Cabe destacar que, todos os intermediários foram obtidos com rendimentos satisfatórios e bons graus de pureza.
Efeito da infecção por micobactérias (Mycobacterium leprae e M. bovis BCG) no metabolismo de mediadores lipídicos de células de Schwann.
Bolsista: Isis de Oliveira Campbell Almeida Dias
Orientador(a): FLAVIO ALVES LARA
Resumo: A hanseníase, causada pelo Mycobacterium leprae, afeta a pele e nervos periféricos, causando perda de sensibilidade. Se não tratada, pode levar à incapacidade física e a deformidades. Muitos aspectos relacionados à patogênese da doença permanecem desconhecidos, pois há dificuldade de obtenção do M. leprae para experimentos in vitro, por não ser cultivável. Por isso, outras espécies micobacterianas são utilizadas como modelo na pesquisa, como o M. bovis BCG-recombinante para PGL-I, que, por expressar um lipídeo próprio do M. leprae, é capaz de infectar células de Schwann. A hanseníase provoca alteração em diversas vias metabólicas, como no metabolismo de ácidos graxos poli-insaturados, que leva à produção de mediadores lipídicos envolvidos na inflamação e sua resolução. Este metabolismo mostrou-se alterado nas diversas manifestações da hanseníase, sendo que a produção de mediadores lipídicos com ação anti-inflamatória prevalece sobre a de pró-inflamatórios durante a doença, o que favoreceria a permanência do patógeno e continuidade da transmissão. A síntese de mediadores lipídicos pode ser inibida por drogas presentes na terapêutica, como os anti-inflamatórios não esteroidais (inibidores de ciclooxigenases) e inibidores de lipoxigenases. O objetivo deste projeto é estudar a modulação da expressão das enzimas responsáveis pela síntese de mediadores lipídicos em células de Schwann infectadas por M. bovis BCG-PGL-I e M. leprae, visando compreender alterações do metabolismo lipídico nas células do sistema nervoso periférico durante a hanseníase, bem como a ação de inibidores de ciclooxigenases e lipoxigenases sobre o crescimento intracelular das micobactérias, a fim de fomentar intervenções terapêuticas que poderiam ser úteis como adjuvantes da poliquimioterapia (PQT), bem para a modulação da resposta imune e tratamento da dor neural na hanseníase.
Desenho in silico de pepti?deos inibidores do domi?nio de ligac?a?o ao receptor da protei?na Spike de SARS-CoV-2.
Bolsista: PAULA FERNANDES DA COSTA FRANKLIN
Orientador(a): ANA CAROLINA RAMOS GUIMARAES
Resumo: A COVID-19, e? uma doenc?a infeciosa causada pelo SARS-CoV-2 - um coronavi?rus altamente transmissi?vel e patoge?nico, que emergiu no final de 2019 e iniciou a pandemia que atravessamos atualmente. De acordo com dados da OMS, desde o final do ano de 2019 ate? maio de 2021, foram registrados 150.989.419 milho?es de infectados, enquanto o nu?mero de mortes chegou a 3.173.576 milho?es. Apesar de existirem vacinas contra a COVID-19, alguns fatores como o surgimento de novas variantes, e a possibilidade de picos sazonais de COVID-19 mesmo apo?s a pandemia, levam a? necessidade de alternativas terape?uticas, uma vez que ainda na?o existem opc?o?es eficientes de intervenc?a?o farmacolo?gica. Um alvo de interesse e? a protei?na viral Spike, que atrave?s do seu domi?nio de ligac?a?o ao receptor (RBD) permite que o vi?rus interaja com a ce?lula hospedeira utilizando o receptor humano, a enzima conversora de angiotensina 2 (ACE2). Estudos indicam que durante a infecc?a?o por SARS-CoV-2 ha? um aumento na expressa?o da ACE2, fazendo com que o impedimento da interac?a?o Spike-ACE2 seja uma abordagem extremamente interessante Dada a necessidade de opc?o?es terape?uticas para a COVID-19, o presente projeto propo?e o desenvolvimento e otimizac?a?o in silico de pepti?deos terape?uticos capazes de inibir o RBD da protei?na Spike. Para a construc?a?o dos pepti?deos, sera? utilizada a estrutura da protei?na Spike em complexo com a ACE2, a partir da qual sera? isolada a regia?o contendo o pepti?deo da ACE2 responsa?vel pela interac?a?o com a Spike, e o RBD da protei?na viral. De posse desse sistema ligante-receptor, sera? implementada uma rotina de otimizac?a?o in si?lico da afinidade do pepti?deo da ACE2. Para tal, sera? utilizado o pacote pyRosetta para introduzir mutac?o?es no pepti?deo derivado da ACE2 de forma rando?mica, e a energia livre de ligac?a?o dos pepti?deos ao RBD sera? testada utilizando o me?todo de MMPBSA atrave?s do pacote MMPBSA.py, utilizando ensembles obtidos por Monte Carlo. Para garantir a otimizac?a?o da energia livre de ligac?a?o dos pepti?deos, sera? utilizado um algoritmo gene?tico seguindo as seguintes etapas de forma iterativa: Partindo de um grupo de pepti?deos derivados da ACE2, contendo mutac?o?es aleato?rias; i. os pepti?deos sera?o testados utilizando MMPBSA ii. aqueles que possui?rem valores de ??G desfavora?veis em relac?a?o ao pepti?deo selvagem sera?o eliminados iii. sera? realizada recombinac?a?o entre as populac?o?es de pepti?deos restantes e a introduc?a?o de novas mutac?o?es, criando uma nova gerac?a?o de pepti?deos e iniciando um novo ciclo de otimização. Apo?s a converge?ncia do algoritmo gene?tico, sera?o realizadas ana?lises das seque?ncias dos pepti?deos que obtiverem melhores valores de ?G. Tambe?m sera?o realizadas ana?lises estruturais com a finalidade de determinar a contribuic?a?o energe?tica das interac?o?es introduzidas pelas mutac?o?es. Ao fim do projeto, espera-se obter pepti?deos candidatos a inibidores da protei?na Spike, que sera?o testados nas etapas posteriores do projeto do orientador.
Diversidade de protozoários em lagoas do pantanal
Bolsista: Juliana Soares da Silva
Orientador(a): Rodrigo Jardim Monteiro da Fonseca
Resumo: Protozoa?rios sa?o eucariotos unicelulares flagelados com uma vasta complexidade estrutural. Atualmente estima-se que cerca de 10.000 protozoa?rios sa?o patoge?nicos, constituindo uma das causas mais importantes de mortalidade mundial em regio?es tropicais e subtropicais. Uma grande variedade de protozoa?rios tem sido sequenciada nos u?ltimos anos englobando importantes grupos taxono?micos para a sau?de pu?blica. Considerado como Biosfera Mundial pela Unesco, o Pantanal e? um dos grandes biomas brasileiros com importa?ncia clima?tica e econo?mica. Sua preservac?a?o desempenha papel importante para o Brasil e o Mundo. Atualmente os microbiomas sa?o analisados pela te?cnica de metageno?mica, pois estima-se que 99% dos microrganismos existentes nesses ambientes na?o sejam cultiva?veis pelas te?cnicas atuais. Este trabalho objetiva caracterizar protozoa?rios encontrados no microbioma de amostras coletadas em duas lagoas do Pantanal sul-mato-grossense. As amostras foram filtradas em diferentes membranas e, em seguida, foi extrai?do o DNA de cada uma das membranas. Esse DNA foi encaminhado para o sequenciamento de alta vaza?o no Illumina HiSeq 2500. Os dados sequenciados sera?o analisados com o pipeline Metawrap para avaliac?a?o de qualidade, estudo da biodiversidade, montagem de metagenomas (MAG – Metagenome-Assembled Genome) e estudo funcional. A conclusa?o deste trabalho permitira? um acre?scimo significativo de informac?o?es acerca desses organismos presentes em lagoas do pantanal, a’te hoje ainda na?o estudadas.
PRODUÇÃO DE PROTEÍNAS QUIMÉRICAS DE Dirofilaria immitis PARA AVALIAR O POTENCIAL USO NO DESENVOLVIMENTO DE UM TESTE DE CAPTURA DE ANTICORPOS PARA DIROFILARIOSE.
Bolsista: Esdras Lima de Carvalho Gueiros
Orientador(a): Abraham Cezar de Brito Rocha
Resumo: Justificativa e relevância A prevalência da infecção por D. immitis em cães varia mundialmente, sendo 22.68% na Oceania, 12,07% na Ásia, 11,60% na América, 10,45% na Europa e 7,57% na África. A Espanha é o país que apresenta a maior prevalência (19,25%), enquanto o Canadá figura em último lugar com 0,16% (Anvari et al, 2020). No Brasil, a infecção em cães foi descrita em 15 locais hiperendêmicos das regiões Sul, Sudeste e Nordeste do país (Labarthe et al, 2014). A Dirofilariose canina chama atenção da indústria farmacêutica, pois existe um grande mercado anti-helmíntico potencial. Isso porque a prevenção anual gira em torno de $75 por cão e há um estimado número de 80 milhões de cães, somente nos Estados Unidos (APPA, 2012). O padrão ouro para o diagnóstico da Dirofilariose é o teste de detecção de antígeno circulante, porém há limitações quanto ao uso em cães com baixa carga parasitária de fêmeas, além da possibilidade da antigenemia ser suprimida até cerca de 9 meses pós infecção em cães tratados (AHS, 2014). Além disso, não há um teste de captura de anticorpos disponível comercialmente. Levando esses fatores em consideração, somado ao fato da importância epidemiológica e econômica da doença, este trabalho tem como objetivo produzir proteínas quiméricas de D. immitis para avaliar o potencial uso no desenvolvimento de um teste de captura de anticorpos para Dirofilariose. Objetivos Geral: Produzir proteínas quiméricas de D. immitis para avaliar o potencial uso no desenvolvimento de um teste de captura de anticorpos para Dirofilariose. Específicos: Obter as proteínas quiméricas purificadas; avaliar a sensibilidade, especificidade das proteínas quiméricas em ensaios de ELISA; comparar o desempenho dos testes produzidos aqui com os kits comerciais disponíveis. Metodologia Amostras de soro. Serão utilizadas 215 amostras de soro de cães provenientes do Departamento de Medicina Veterinária da UFRPE. As amostras utilizadas serão classificadas como positivas (positivo no teste SNAP Dirofilariose RT) e endêmicas negativas (negativas no teste SNAP Dirofilariose RT). Soros de cães com outras patologias, como Leishmaniose, deverão ser adicionados para avaliar a reação cruzada com outras doenças comuns. O projeto foi protocolado na CEUA da UFRPE sob o número 2726120521. Expressão e purificação das proteínas heterólogas. As construções dos genes quiméricos e o vetor pRSETA serão utilizadas para transformar células competentes de Escherichia coli BL21 (DE3) pLysS e Rosetta™ 2 (Merck Millipore). A expressão dos genes será induzida por IPTG e as proteínas quiméricas serão purificadas por cromatografia, usando a resina Ni-NTA agarose (Qiagen). Ensaios imunoenzimaticos indireto (ELISA) in house. As placas serão sensibilizadas com os antígenos na concentração de 600 ng por poço. Após o bloqueio, os soros serão incubados na diluição de 1:100. Depois disso, haverá a incubação com os conjugados de anti-IgG canino e peroxidase. Então, a reação será revelada utilizando o substrato BD OptEIATM TMB (BD Biosciences, USA) e interrompida com H2SO4 1N. A leitura será realizada a 450nm e os resultados expressos em densidade óptica (OD). Os testes comerciais serão utilizados com o intuito de comparar com os testes desenvolvidos aqui. Análises estatísticas. Os parâmetros de sensibilidade, especificidade, valor preditivo positivo, negativo serão estimados através dos programas MedCalc (versão 12.3) e GraphPad Prism 6.0. O cutoff será determinado pela média do grupo verdadeiro negativo mais três vezes o desvio padrão desta média.
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